Jason Bourne heeft zijn leven als David Webb hervat aan de faculteit linguïstiek van Georgetown. Eindelijk kan hij zijn Bourne-identiteit achter zich laten. Maar dan wordt hij geconfronteerd met zijn gevaarlijkste tegenstander ooit.

Bourne wordt ingezet om ene Semian Icoupov uit te schakelen. Icoupov is de leider van de terroristische Broederschap van het Oosten, een groepering die een spectaculaire en desastreuze aanslag in de Verenigde Staten wil uitvoeren.

Terwijl Bourne in Rusland jacht maakt op Icoupov, wordt hij zelf het doelwit van een hevige machtsstrijd binnen de CIA. Twee Pentagonmedewerkers willen hem ontmaskeren en doden om de huidige CIA-directeur in diskrediet te brengen.